为复活爱宠菜包，猪猪侠在天才博士的协助下，研发出可承载宠物意识的仿生机器人，并将这项陪伴技术推向全社会。此举遭到超人强、菲菲、波比和小呆呆的集体反对，但猪猪侠依旧执意行动，更试图回到过去升级初代机器人、弥补技术缺陷。不料时空传送失控，他意外坠入未来，亲眼见证世界被失控的机器宠物统治。这些黑化的机械生命体，皆是曾经被人类虐待、遗弃的陪伴机器人。在未来菜包机器人与伙伴们的牺牲守护下，猪猪侠逃回现在欲阻止一切，却发现大BOSS原型机已失踪。未来的阴影，已潜伏当下。
黑天易是一名警察，2014年因公殉职。两年后他的未婚妻袁晓佳不想待在这个充满回忆的城市，决定搬家离开，在收拾行李的时候找到了天易的一部旧手机。通过这个连SIM卡都没有的手机，晓佳却得以跨越时空，与天易再一次取得了联系……
章总章总，有个大人物要见你。”正在埋头看文件的章雨抬头瞥了他一眼又低头，才悠悠地问，“哪个大人物要见我？”“顾东阳。”“哦，我还以为什么了不得的大人物呢。顾东阳，不认识。”章雨漫不经心的说。“我怎么说也跟你同在一个屋檐下住了无数个日夜，你居然说不认识我，是不是非得我做点什么你才能想起我是谁？”
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
