在《纳米核心》的里世界中，各位主角配角以及龙套们，都要在“纳米学院”中学习生活。大家在这个世界不那么认真地上课、考试、过着奇奇怪怪的校园日常，并不正经地保护着这个世界，以及不停地用各自的方式向大家“表示友好”。
“天下第一智”罗霄与“富贵世子爷”严安承携手闯荡江湖，寻找传说中“紫溟天阶”的线索，过程中，破获诸多离奇案件，逐渐摸索出一个鲜为人知的阴谋....
浮云司“影子”卧底陆尘因破坏魔教降神咒受到黑火诅咒，修为尽毁。度过长达十年的流亡隐居生活后，师父天澜再度现身，交给陆尘前往昆仑派寻找魔教卧底的任务，并且为修复受损的五行神盘，陆尘奉命成为昆仑派百草堂的杂役弟子。在执行任务的过程中，他结识了诸多好友与一生挚爱易昕，逐渐感受到人间温暖，同时从种种蛛丝马迹中触及到了昆仑背后的秘密，发现昆仑禁地封印的黑龙并非邪恶魔物，而一直声称为了大义的天澜竟也另有所图。认清事实的陆尘一时迷茫，在易昕的鼓励下决定正视过去，不再拘泥于所谓正邪之分，而要遵从本心行正确之事。
林云转世到了天水国青云宗剑奴的身上，重生后，林云原本悟性极差的资质变得与众不同起来，一套猛虎拳后，竟直接突破到可以成为宗门外门弟子的武道三重。“一日为剑奴，终生为剑奴”，即使获得成为外门弟子的资质，林云依然被宗门其他弟子嘲笑，加上剑奴时期的林云对宗门的天之骄子苏子瑶有念想，此云泥之别更为同宗门弟子所嘲笑，而苏子瑶对林云的照顾也让其他弟子嫉妒。玄黄世界，实力为尊，重生后的林云努力和奇遇，成为内门弟子，并最终力挽狂澜帮助青云宗赢得天水国四大门派三年一度的比武大会，守住了灵脉，也收获了宗门的敬重。
