高中一年级学生·夜科扬羽,某天捡到了被遗弃在公共电话亭里的“红色电话卡”。 几天后,持有相同电话卡的青梅竹马兼同学·雨宫樱子失去了踪影。 为了寻找她,扬羽联系了传闻中在全国范围内制造连续“神隐”失踪事件的黑幕——“秘密结社PSYREN”。 随后,一场赌上性命的游戏开始了——
突然出现的“鬼兽”以压倒性的力量开始攻击人类,城市被摧毁,绝望笼罩着人们,在所有人都快要放弃的时候,有一个影子迎战鬼兽!“你们这些家伙,惹到我了!!”人类面前出现了一丝希望,那竟然是一只鸡!