为了侵略地球而从宇宙来到这里的 K 隆星人——“Keroro 军曹”，潜入日向家时，被中学生男孩日向冬树和他的姐姐日向夏美给逮了个正着。被凯隆军主力部队抛弃、孤零零留在地球上的 Keroro 军曹，他……他和喜欢超自然事物的冬树成了“好朋友”，并以正式配属的名义，在日向家蹭吃蹭喝住了下来。在地球上过着充实（？）的每一天，却仍未放弃侵略野心的 Keroro 军曹。他的伙伴们，以及冬树等地球人也被卷入其中，一段愉快又非比寻常的故事即将拉开序幕！
舞台设定在崇拜水龙守护神的海底王国「海炎国」，这里因神秘污染和“强行唤醒沉睡水龙”的阴谋陷入危机。利姆露一行人原本是来海岛度假，却被卷入这场深海危机，从悠闲摸鱼被迫营业，潜入苍海深处揭开阴谋、阻止海底文明覆灭。
