在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
故事发生在未来都市丰都特别经济区，这里是全球最大的义体制造、器官金融和神经数据产业中心。穷人贷款安装义体继续工作，富人更换身体延长寿命，公司则用债务合同绑定人的器官、记忆和身份。城市中频繁出现“义体精神病”事件：有人剥皮换脸，有人吞食记忆，有人死后仍靠义体行动。官方解释为非法改装导致的神经崩溃，但真相是：古老异常存在正在借助义体、仿生皮肤、脑机接口和公司系统重返人间。主角陆烬意外接入一枚神秘心泵“判心”。它的真实身份是钟馗型残甲核心，能展开鬼甲、判眼、斩鬼剑，最终形成完整赛博钟馗形态。但每次觉醒，陆烬都会失去一部分身体和灵魂。
金豪启动“许愿树”失败后并没有善罢甘休，暴躁升级的他发誓要卷土重来，并加大力度搜集神奇宝物。为达目的，金豪设计用神奇宝物“记忆葫芦”，抹去熊大熊二的记忆，并蛊惑他们视光头强为敌，指使他们前往光头强家搜寻乾坤袋。光头强得知真相后，联合森林动物们展开救援，终于帮熊大熊二恢复记忆。而熊强组合也再度联手，肩负起保护宝物的责任，与金豪展开激烈抗衡。随着不断升级的争斗，大批神奇宝物涌现，让金豪愈加疯狂。而他的手下为抢功也不停捣乱、抢夺，甚至对宝物也是虎视眈眈。宁静的狗熊岭，注定将在这场宝物争夺的风暴中，陷入漫长而动荡的不安岁月……
张凡来到异界，好不容易成为修士，却遭人陷害修为全失，生死存亡之际，系统终于上线，什么神使、仙人、妖皇，在他面皆为土鸡瓦狗，天下无敌的张凡也想一剑出鞘，直破云霄，但无敌剑域居然有范围限制，为了获得扩展领域所需的经验值，张凡只能引诱那些不怀好意的人前来。从此，此方世界多了一个他力压无数天骄、一剑通神的传说……
第一季中游侠李白在云中长城亲眼见证了守卫军们的故事，目睹了在艰苦条件下也依旧坚守己任、团结友爱的他们所经历的每一个日常。这一次为了筹措军费，花木兰带领小队成员来到云中剿匪，双方不打不相识。本部的故事不仅描绘了长城守卫军以及都护府的日常生活，还从不同阵营角色的视角来展现云中漠地的生活场景。不管是驻守边疆的长城守卫军，还是劫富济贫的马帮阵营，无论是家乡已荒芜一片的百年古人还是流浪在外的落魄王子，每个人都有自己要守护的那方天地，为了守护和平的生活，为了守护彼此的梦想，为了守护消逝的文化，为了守护家乡的人民……一个人的力量虽然有限，但守护彼此的信念却令他们无坚不摧。正是这份信念，让原本是陌生人的他们彼此欣赏，惺惺相惜，并收获...
随着武魂融合技的锋芒消散，切磋赛最终以唐舞麟所带领的一年级组获胜而告一段落。片刻宁静后，一年级生们的期末考试也如期而至。学院提出的种种难题令众人捉襟见肘，唐舞麟等人也不例外。他们使出了各自的看家本领，为通过考试，跌跌撞撞的踏上了明都之行……
涅槃重生，武逆乾坤。
