在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
玄罗宗后山雨夜，杂役沈渊与老张头被追杀。老张头临死前将一柄锈剑塞进沈渊手中，被莫颜儿一把灵火焚尸。沈渊扑上去拼命，被周寒一剑穿胸。鲜血浸染锈刃，剑尊残魂苏醒，以青铜古法重塑凡躯。沈渊反杀周寒，重伤莫颜儿，力竭昏死，被路过的苏青栀背回药庐。为重塑碎裂的肉身，沈渊跳入雷鸣瀑，以天雷淬体，碎九十九条经脉，硬生生踏入炼气一层。此后他一路吞噬灵器进化长剑，结识炼器天才齐远、玉兽宗陆瑶，反杀追杀而来的赵铁山、墨九，更在雷云谷引九重天雷渡劫，硬吞五阶镇魂棺，铸成剑意筑基。为求活路，沈渊杀入九州大比。外卡擂七连胜，正赛斩王珏、胜裴烈、吞姜瑶之毒、破云璃卦阵，一路踩着天骄骨血杀入四强。授旗大典上，他当众揭穿玄罗宗“人丹计划”——以活人炼丹，屠戮杂役。沈渊以金丹之躯，逆着跪伏人潮提剑向前，三纹齐亮，剑指万族。“打赢一场，就强一分。打不赢，就拿命换一分。总有一天，没人能再踩着我。”
诸神陨落已久，继承“神祇烙印”的灵能者们退居一隅，普通人们安居乐业，逐渐忘却了那些神明的故事。 少年戚歌过着平凡的生活，可他的命运因为一把神秘黑刀而改写，灭世魔神路西法竟寄居在他体内，未知的灵能世界逐渐在他面前展开。 命运会将他引向何方呢？又或者，这命运能否由他自己来主宰？ 曾经的“诸神黄昏”到底为何发生，错综的灵能势力里谁才是真的正义？ 为了掌握自己的命运，戚歌与同伴们一同踏上超越诸神的成长之路……
