赤冢正义（Justice）通称正义，他的掌心有一个刺青。那不是普通的刺青，而是能够扭曲时空、创造出“无”、并带给周遭毁灭性伤害的特殊兵器——“咒纹”。正义决定协助特工少女·伊姬完成她的任务——回收咒纹，但是事情会那么顺利吗——！？
高中一年级学生·夜科扬羽，某天捡到了被遗弃在公共电话亭里的“红色电话卡”。 几天后，持有相同电话卡的青梅竹马兼同学·雨宫樱子失去了踪影。 为了寻找她，扬羽联系了传闻中在全国范围内制造连续“神隐”失踪事件的黑幕——“秘密结社PSYREN”。 随后，一场赌上性命的游戏开始了——
舞台设定在崇拜水龙守护神的海底王国「海炎国」，这里因神秘污染和“强行唤醒沉睡水龙”的阴谋陷入危机。利姆露一行人原本是来海岛度假，却被卷入这场深海危机，从悠闲摸鱼被迫营业，潜入苍海深处揭开阴谋、阻止海底文明覆灭。
年轻的古生物学家达里厄斯·鲍曼在加利福尼亚州的荒野中发现了活恐龙。
